Schleswig-Holstein ist als einziges deutsches Bundesland zugleich Anrainer von Nord- und Ostsee. Seine Küstenlinie bietet Jahr für Jahr Millionen von Urlaubssuchenden eindrucksvolle Natur- und Stranderlebnise. Neben dem Tourismus haben die Küstengewässer aber auch große Bedeutung für traditionelle Nutzungen wie Fischerei, Seeverkehr und Hafenwirtschaft.
Nord- und Ostsee haben nur wenig Gemeinsamkeiten. Wattenmeer und Flussästuare mit ausgeprägten Gezeiten prägen die Westküste, während an der Ostsee eine Förden- und Ausgleichsküste, wo Änderungen des Wasserstandes nur durch den Wind verursacht werden.
Im Gegensatz zur Nordsee ist der Wasseraustausch der Ostsee durch schmale und flache Meerengen (Belte und Sund) erheblich eingeschränkt. Das vom Skagerak her einströmende Salzwasser vermischt sich nach und nach mit etwa 500.000 Kubikmeter Süßwasser pro Jahr aus den einmündenden Flüssen und macht die Ostsee zu einem der größten Brackwassermeere der Erde.
Da viele Meerestiere nur in hohen Salzgehalten leben können, nimmt nach Osten hin die Artenvielfalt ab und die Besiedlung ändert sich. Während in der Kieler Bucht noch Salzwasserarten wie Seestern und Steinbutt gedeihen, schwimmen im Bottnischen und Finnischen Meerbusen aus dem Süßwasser eingewanderte Hechte. Die Besonderheiten der Ostsee als Randmeer mit starkem Süßwasserzustrom machen dieses Brackwassermeer zu einem einmaligen Lebensraum, der besonders schützenswert aber auch besonders sensibel ist.
Das gleiche gilt für das Wattenmeer der südöstlichen Nordsee, das als biologisch hochaktiver Lebensraum mit einer reichen Tier- und Pflanzenwelt, als Kinderstube für Fischpopulationen, sowie als Rast- und Überwinterungsgebiet für Küstenvögel über die Grenzen der Nordsee und Europas hinaus eine zentrale Bedeutung hat.
Aufgrund des dicht besiedelten Einzugsgebietes unterliegen beide Meere und damit auch die schleswig-holsteinischen Küstengewässer starken Einflüssen durch den Menschen. Die größten Probleme verursachen die in den letzten Jahrzehnten deutlich gestiegenen Nährstoffeinträge und die damit verbundene Eutrophierung.
Die Erhöhung der Mikroalgenbiomasse, Ausdehnung von Algenblüten und Massenentwicklungen führen aufgrund der daraus resultierenden erhöhten Ablagerung organischen Materials und des bakteriellen Abbaus zeitweise zu Sauerstoffmangel am Boden und in der Wassersäule. Bei fortschreitender Eutrophierung kommt es immer wieder zu extremer Sauerstoffarmut. Eine Folge ist die Bildung von giftigen Schwefelwasserstoff (H2S) was zu einem weiträumigen Absterben oder Verdrängen der auf Sauerstoff angewiesenen Boden- und Fischfauna führt.
Die Bodenfauna in den häufig betroffenen tiefen Rinnen der Kieler, Lübecker und Mecklenburger Bucht und besonders der angrenzenden Förden ist in ihrer Anzahl der Arten deutlich verarmt und die Artenzusammensetzung hat sich auf einige besonders angepasste Formen reduziert.
Auch Gebiete in der nordöstlichen Deutschen Bucht wurden erstmals in den Sommern 1981 bis 1983 von Sauerstoffmangel betroffen.
Weitere Folgen der Überdüngung mit Nährsalzen sind vermutlich Massenvermehrungen von Makroalgen und die Bildung sogenannter "Schwarzer Flecken" im Wattenmeer der Nordsee sowie eine erhöhte Trübung des Küstenwassers an der Ostsee verbunden mit einer Verschiebung der Algenzone in flachere Bereiche.
Die Bodenbesiedlung und die Fischbestände können von der derzeit betriebenen Fischerei (Schleppnetz-, Stellnetz-, Muschel-, Wattwurmfischerei, Aquakultur) beeinflusst werden. Aus dem Wattenmeer wird das Verschwinden von Austern, Stören, Rochen, Schnäpel und Maifisch sowie der Rückgang von koloniebildenden Borstenwürmern wie Sabellaria berichtet. Diese Phänomene hängen vermutlich sowohl mit wasserbaulichen Maßnahmen im Festlandbereich als auch mit Fischereiaktivitäten zusammen. Langlebige Arten gehen zurück, opportunistische und nährstoffreiche Sedimente liebende Arten nehmen zu.
Weitere Beeinträchtigungen und Gefährdungen unserer Küstenmeere gehen von anderen menschlichen Aktivitäten aus, zum Beispiel Tourismus und Erholung, Küstenschutzmaßnahmen, Einbringen und Umlagern von Baggergut sowie Sand- und Steinentnahme.
Die bisher festgestellten ökologischen Verschiebungen durch Belastungen der küstennahen Gewässer von Nord- und Ostsee sind so stark, daß ihre Zurücknahme dringend notwendig erscheint.
