Aufgrund der geographischen Situation in Schleswig-Holstein ist die Bildung von drei Flussgebietseinheiten erforderlich: Der mittlere und südliche Landesteil bis in den Bereich des Nord-Ostsee-Kanals gehört zu der internationalen bis nach Tschechien reichenden Flussgebietseinheit Elbe, der nordwestliche Landesteil der Flüsse, die in die Nordsee entwässern, wird der Flussgebietseinheit Eider und der östliche Landesteil, in dem die Flüsse in die Ostsee münden, der Flussgebietseinheit Schlei-Trave zugeordnet.
Die Wassereinzugsgebiete der FGE Eider und Schlei/Trave liegen überwiegend in Schleswig-Holstein. Kleinere Flächenanteile liegen im südlichen Dänemark und in Mecklenburg-Vorpommern (Schlei-Trave).
Das Einzugsgebiet der Elbe beinhaltet Teile der Tschechischen Republik, Österreichs, Polens und zehn deutscher Bundesländer. Um eine methodisch und inhaltlich abgestimmte Vorgehensweise bei der Umsetzung der WRRL zu erreichen, wurde das große Einzugsgebiet der Elbe in fünf deutsche und drei tschechische Koordinierungsräume unterteilt. Schleswig-Holstein mit der Freien und Hansestadt Hamburg und Niedersachsen zum Koordinierungsraum Tideelbe.
Eine detaillierte geographische und wasserwirtschaftliche Beschreibung der Flussgebietseinheiten findet sich in den Berichten an die EU-Kommission.
