Nach der WRRL sind Programme zur Überwachung des Zustandes der Seen, der Fließgewässer, der Küstengewässer und des Grundwassers aufzustellen. Sie waren in Schleswig-Holstein zum 22. Dezember 2006 anwendungsbereit und wurden dem Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit fristgerecht zur Weitergabe an die EU-Kommission vorgelegt. Aufgaben der Monitoringprogramme sind:
- Ermittlung der Gewässerbeschaffenheit durch ein repräsentatives Messnetz (Feststellen und überprüfen des Zustandes der Gewässer)
- Ermittlung von Trends (Langfristige Veränderungen gegenüber dem Zustand 2000, WRRL- Verschlechterungsverbot)
- Überprüfen der Wirksamkeit von Maßnahmen (Operatives Messnetz)
- Ermittlung der Ursachen für Defizite gegenüber dem guten Zustand (Sondermessnetze zu Ermittlungszwecken, z.B. diffuse Einträge, Renaturierung von Fließgewässern).
Das Konzept zu den Überwachungsprogrammen für die schleswig-holsteinischen Flussgebietseinheiten gliedert sich in
einen Berichtsteil, der die Anforderungen der WRRL, die Strategien der Umsetzung und erläutert die wesentlichen Elemente zur Überwachung und der Bewertung des Gewässerzustands beschreibt
ein Methodenhandbuch, das detailliert über die Gewässertypen, die Referenzen und die Erfassungs- und Bewertungsverfahren informiert und
Karten, die den Umfang der Überwachungsnetze für die überblicksweise und für die operative Überwachung je Gewässerkategorie darstellen.
Da insbesondere bei den biologischen Qualitätskomponenten Neuland betreten wird, befinden sich eine Reihe von Verfahren und Methoden noch in der Erprobung und liegen noch nicht abschließend fest. Das Methodenhandbuch wird regelmäßig fortgeschrieben und dabei neue Erkenntnisse berücksichtigt.
