Die Umsetzung der WRRL geschieht in Flussgebietseinheiten (FGE, mehr).
Aufgrund der geographischen Situation in Schleswig-Holstein ist die Bildung von drei Flussgebietseinheiten erforderlich: Elbe, Eider und Schlei-Trave.
Die Flussgebietseinheiten sind zu groß, um die erforderliche Beteiligung der Betroffenen vor Ort sicherzustellen, so dass innerhalb jeder Flussgebietseinheit eine weitere Bearbeitungsebene eingerichtet wurde. Innerhalb der drei Flussgebietseinheiten in Schleswig-Holstein wurden darum Arbeitsgruppen in 34 Bearbeitungsgebieten gebildet, um die unterschiedlichen Erwartungen und Interessen, die etwa in dem Bereich des ehrenamtlichen Naturschutzes und zum Beispiel der Landwirtschaft an die Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie gestellt werden, in Einklang zu bringen.
