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Die Wasserrahmenrichtlinie betrachtet die Gewässer, deren Auenbereiche und Einzugsgebiete als eine Einheit. Die Umsetzung geschieht daher in Flussgebietseinheiten (FGE). Sie umfassen eines oder mehrere Einzugsgebiete eines Flusses einschließlich des Grundwassers und der Küstengewässer.
Das Denken und Planen in Einzugsgebieten bringt eine wichtige Veränderung mit sich: waren Ströme, Flüsse und Bäche traditionell häufig Trennungslinien zwischen Staaten, Territorien, ja Dörfern, so kann eine einheitliche Bewirtschaftung der Gewässer nur grenzüberschreitend gelingen. Das gilt für Städte, Kreise und Gemeinden ebenso wie für Bundesländer und die EU-Staaten.
Deutschland ist an zehn Flussgebietseinheiten beteiligt, davon fünf internationalen.
Aufgrund der geographischen Situation in Schleswig-Holstein ist die Bildung von drei Flussgebietseinheiten erforderlich: Elbe, Eider und Schlei-Trave.
